13 Quarto Manuscripts
Основным документом для научной публикации является текст рукописи статьи. Тем не менее, в научной практике, где используются вычисления на языках программирования, в ходе рабочего процесса создания статьи часто применяются блокноты — документы, объединяющие код и текст (например, в форматах *.ipynb или *.rmd/*.qmd в Jupyter и R Markdown/Quarto).
Блокноты играют ключевую роль в обеспечении воспроизводимости исследований, но использование блокнотов как правило затруднено на этапах рецензирования и публикации. Вместе с тем, исследовательская публикация в основном по-прежнему основана на тексте. Окончательная версия статьи редко охватывает все расчеты, которые в лучшем случае относятся к приложениям и дополнительным материалам. С другой стороны, предоставление блокнотов в качестве доступных результатов исследований значительно повышает прозрачность и воспроизводимость исследований. Также преимущество блокнотов состоит в том, что они естественным образом поддерживают совместную работу через Git.
Например, целью пилотного проекта Notebooks Now! является повышение роли вычислительных блокнотов в качестве основных элементов научной документации, разработку сквозного научного издательского рабочего процесса, который будет рассматривать блокноты (такие как Jupyter) как основной элемент научной публикации. Авторы проекта осознают, что для обеспечения такого рабочего процесса потребуются определенные стандарты в отношении блокнотов, например, в отношении редактирования копий, платформ и конфигурации.
13.1 Обзор Quarto Manuscripts
Quarto Manuscripts — это специализированный тип проекта в Quarto, предназначенный для создания научных рукописей в различных форматах, соответствующих требованиям журналов, где источником является один или несколько документов в формате Quarto (*.qmd) и/или Jupyter-ноутбуков (.ipynb). Такие документы сразу публикуются как веб-сайт. При этом читатель получает доступ не только к HTML-версии текста, но и к другим форматам статьи (PDF, DOCX и др.) через меню «Другие форматы», а также вычислениями из одного или нескольких блокнотов, которые служат источником контента, данных и расчетов, сопровождающих рукопись.
Отметим, что на веб-сайте проекта Quarto Manuscripts доступны ссылки, позволяющие просмотреть исходный код, используемый для создания того или иного рисунка и таблицы, включенных в рукопись. Кроме того, Quarto Manuscripts поддерживает интеграцию с внешними сервисами, например, вставку ссылок на внешние ноутбуки (Binder, NBViewer и др.). Система также обеспечивает возможность выгрузки материалов в архивы, например, Manuscript Exchange Common Approach (MECA)-архив для подачи в журнал, а также поддерживает расширения для подключения шаблонов журналов.